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La classification APG II (2003), ou classification phylogénétique, est une classification botanique des angiospermes établie selon les travaux de l'Angiosperm Phylogeny Group.
APG II est la deuxième classification publiée par ce groupe, après la classification APG, la troisième étant la classification phylogénétique APG III (2009).
À la différence de la classification classique -qui s'appuie principalement sur des similarités morphologiques et physiologiques, notamment sexuelles, des êtres vivants-, APG II est construite à la base de deux gènes chloroplastiques et un gène nucléaire de ribosome, mais ces données sont complétées dans quelques cas par d'autres données[réf. nécessaire].
Les groupes principaux établis par cette classification sont les clades monophylétiques suivants, qui n'ont pas été remis en cause par APG III :